全球新冠病毒感染者已經(jīng)突破百萬，形勢依然嚴(yán)峻，實(shí)時(shí)對病毒的全基因組監(jiān)測能夠幫助我們直觀了解病毒的變異，傳播和進(jìn)化，對于臨床的治療和耐藥研究具有指導(dǎo)作用。

華大智造基于ATOPlex定制化產(chǎn)品平臺開發(fā)的超高重PCR擴(kuò)增技術(shù)，可在單管中實(shí)現(xiàn)病毒全長基因組的富集，并結(jié)合雙唯一barcode防串?dāng)_技術(shù)和DNBSEQ測序技術(shù)，最大程度真實(shí)還原病毒的全基因組序列，最低只需要1 Mreads即可滿足病毒全長基因組的覆蓋。

操作簡單，滿足定量需求

ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0不僅能夠?qū)θ蚪M進(jìn)行檢測還能對病毒的濃度進(jìn)行相對定量，通過摻入的已知拷貝數(shù)的人工合成DNA序列，能夠準(zhǔn)確獲取樣本病毒載量信息；整個(gè)實(shí)驗(yàn)操作只有3步，手工時(shí)間1小時(shí)，樣本不需要分管，最大程度降低樣本交叉污染風(fēng)險(xiǎn)。

圖1：產(chǎn)品設(shè)計(jì)和工作流程

高靈敏度，極端樣本也能有良好表現(xiàn)

ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0能夠快速準(zhǔn)確低成本獲取病毒全基因組信息，針對極端樣本，也能有很好的檢出，并且與水樣本有顯著差異，對于臨床上低病毒載量樣本（比如咽拭子、鼻拭子）尤為適合，能夠降低假陰性，減少漏檢風(fēng)險(xiǎn)。

圖2 ：梯度稀釋病毒培養(yǎng)物在1M原始數(shù)據(jù)下檢測到的病毒基因組的覆蓋深度

借助基于ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0試劑盒產(chǎn)品并結(jié)合基于DNBSEQ的高通量測序方法，科學(xué)家可以快速識別并獲得SARS-CoV-2病毒全基因組、病毒耐藥性、病毒載量等生物學(xué)信息，用以跟蹤遺傳變化，并快速應(yīng)對疫情爆發(fā)。

關(guān)于ATOPlex平臺

ATOPlex多重PCR定制化平臺是華大智造自主研發(fā)的以超高重PCR技術(shù)為核心的產(chǎn)品定制平臺。該平臺涵蓋了DNA、RNA和DNA甲基化方向，可以滿足科研、醫(yī)藥、司法、農(nóng)業(yè)、DTC等相關(guān)領(lǐng)域的個(gè)性化基因檢測產(chǎn)品定制。ATOPlex多重PCR定制產(chǎn)品平臺提供產(chǎn)品設(shè)計(jì)、建庫試劑，此外，還可以提供該系列產(chǎn)品基于MGISP-100或者M(jìn)GISP-960 的自動化建庫平臺。

圖3：ATOPlex平臺

Q&A

1. ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0是如何解決overlap的問題？

Padlock技術(shù)將一個(gè)目標(biāo)區(qū)域的F/R特異性引物通過一個(gè)唯一的互補(bǔ)序列進(jìn)行鎖定，防止不成對引物的擴(kuò)增，能夠有效的避免overlap區(qū)域的擴(kuò)增，因此只需要一個(gè)引物池即可完成全基因組的擴(kuò)增。

2. ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0擴(kuò)增子長度是多少？引物設(shè)計(jì)的位點(diǎn)在哪兒，內(nèi)參和外參分別是什么？

擴(kuò)增子長度范圍159-199bp，平均長度189bp，總共259個(gè)擴(kuò)增子，位點(diǎn)覆蓋整個(gè)病毒的全基因組序列，內(nèi)參的靶標(biāo)是GAPDH基因，外參是我們?nèi)斯ず铣傻囊欢我阎獫舛鹊腄NA序列。