2019年7月23日，腫瘤免疫治療學(xué)會(huì)（SITC）官方期刊 Journal for ImmunoTherapy of Cancer （ 影響因子：8.676）發(fā)表了上海銳翌生物與浙江大學(xué)附屬第一醫(yī)院的合作研究成果 Gut microbiome affects the response to anti-PD-1 immunotherapy in patients with hepatocellular carcinoma （肝細(xì)胞癌患者腸道菌群對(duì)抗PD-1免疫治療響應(yīng)的影響）。該研究基于華大智造高通量測(cè)序平臺(tái)，通過深度宏基因組測(cè)序（PE100）的方法，研究肝細(xì)胞癌患者接受抗 PD-1 治療的過程中腸道菌群的變化特征，鑒定出與治療響應(yīng)度密切相關(guān)的菌群及其代謝特征，為進(jìn)一步探究腸道菌群與宿主免疫應(yīng)答的關(guān)系提供了重要理論依據(jù)。

本文第一通訊作者方維佳教授，現(xiàn)就職于浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院腫瘤內(nèi)科，香港大學(xué)和美國印第安納大學(xué)訪問學(xué)者，擔(dān)任中國臨床腫瘤學(xué)會(huì)肝癌專家委員會(huì)、膽道腫瘤專家委員會(huì)常委，帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)致力于發(fā)展多學(xué)科綜合診治平臺(tái)上的腫瘤內(nèi)科個(gè)體化精準(zhǔn)治療。

肝細(xì)胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是臨床上最常見的惡性腫瘤之一，因惡性程度高，預(yù)后差，死亡率高，被列為全球第四大癌癥。近年來，隨著腫瘤免疫治療的發(fā)展，抗 PD-1（programmed cell death protein 1）免疫阻斷療法在肝癌治療中顯示出良好的治療效果。兩項(xiàng)研究顯示，該療法客觀緩解率接近20%，是標(biāo)準(zhǔn)療法口服索拉非尼的四倍。在腫瘤免疫治療中，越來越多的證據(jù)表明腸道菌群在其中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。作為人體內(nèi)最大的淋巴器官，腸道存在超過 70%的 T 細(xì)胞，是絕大多數(shù)記憶 T 細(xì)胞的居住地。腸道菌群可以通過直接物理接觸、代謝產(chǎn)物以及腸道粘膜結(jié)構(gòu)成分改變等多種機(jī)制與宿主免疫系統(tǒng)相互作用，但是腸道微生物組如何影響腫瘤免疫治療效果的內(nèi)在機(jī)制尚不明確。

該研究中使用華大智造高通量測(cè)序平臺(tái)，對(duì)8位臨床患者的樣本進(jìn)行了深度宏基因組測(cè)序（PE100）和分析。研究結(jié)果顯示：在響應(yīng)組患者中發(fā)現(xiàn)有4種乳酸桿菌、1種雙歧桿菌和1種鏈球菌富集，它們通過抑制病原微生物的生長(zhǎng)和伴隨的毒力因子，來增強(qiáng)宿主的代謝和免疫水平。其他富集的多種細(xì)菌分別具有降解膳食纖維、保持腸道通透、提高免疫治療響應(yīng)度、抑制機(jī)體炎癥反應(yīng)的作用。

圖1. 響應(yīng)和非響應(yīng)組中分別富集的菌種及其代謝功能

這些發(fā)現(xiàn)進(jìn)一步提示：菌群可作為一種預(yù)測(cè)免疫療法效果的生物標(biāo)記物，具有一定的早期診斷價(jià)值。同時(shí)，該研究還揭示了腸道菌群影響肝癌患者抗 PD-1 免疫治療療效的可能途徑，為未來進(jìn)一步深入研究腸道菌群參與免疫調(diào)節(jié)、優(yōu)化治療效果的潛在機(jī)制打下了基礎(chǔ)。

本論文共同第一作者銳翌生物王婷婷博士表示：通過華大智造高通量測(cè)序平臺(tái)，數(shù)據(jù)產(chǎn)出和數(shù)據(jù)質(zhì)量都達(dá)到跟進(jìn)口平臺(tái)一致水平，同時(shí)相應(yīng)的成本更加經(jīng)濟(jì)，為項(xiàng)目的順利完成提供了有力保障。

上海銳翌生物科技有限公司是一家專業(yè)的微生物組基因科技和腸道健康服務(wù)公司，致力于為客戶提供優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品和服務(wù)。與國內(nèi)外眾多知名科研院校建立了廣泛的合作關(guān)系，完成多項(xiàng)具有國際先進(jìn)水平的基因組學(xué)研究工作。

華大智造高通量測(cè)序平臺(tái)簡(jiǎn)介：

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MGISEQ-2000 是一款全面、靈活的大中型基因組測(cè)序平臺(tái)，于 2017 年 10 月發(fā)布，在雙芯片獨(dú)立運(yùn)行架構(gòu)之上，添加了兩種不同規(guī)格的芯片，為使用者提供更多元化的選擇。其單次運(yùn)行能夠完成最大 600G 的下機(jī)數(shù)據(jù)，在 PE100 讀長(zhǎng)模式下滿負(fù)荷運(yùn)行僅需不到 48 小時(shí)，為客戶提供強(qiáng)大且高性價(jià)比的測(cè)序平臺(tái)，是開展外顯子組、轉(zhuǎn)錄組和全基因組測(cè)序的理想選擇。