CycloneSEQ-WT02納米孔測(cè)序平臺(tái)能夠跨越細(xì)菌基因組中的復(fù)雜區(qū)域，能夠?qū)崿F(xiàn)一次性獲得細(xì)菌基因組完成圖。此外，CycloneSEQ技術(shù)在研究基因組重復(fù)區(qū)域、功能和適應(yīng)性方面具有明顯優(yōu)勢(shì)。

測(cè)試結(jié)果

PART.1

測(cè)序長(zhǎng)度、質(zhì)量結(jié)果

共測(cè)序三次，每次測(cè)序選取12個(gè)樣本pooling在一張芯片。建庫(kù)后用CycloneSEQ-WT02測(cè)序，隨著測(cè)序時(shí)間的延長(zhǎng)，數(shù)據(jù)產(chǎn)量逐步上升。平均每張芯片測(cè)序產(chǎn)生12Gb的數(shù)據(jù)量，平均每個(gè)樣本產(chǎn)出1G左右數(shù)據(jù)量。

表1 三張CycloneSEQ芯片的測(cè)序結(jié)果

圖1  36個(gè)基因組的完整度與基因組連續(xù)性（Contig數(shù)量）

測(cè)序產(chǎn)出數(shù)據(jù)隨時(shí)間的變化有以下幾個(gè)方面（以第一次測(cè)序產(chǎn)出為例）：

圖2 第一次測(cè)序產(chǎn)出的base隨時(shí)間增加曲線

圖3 第一次測(cè)序reads產(chǎn)出隨時(shí)間增加曲線

表2 第一次測(cè)序每個(gè) barcode產(chǎn)出信息

每次上樣均含有1-3個(gè)低起始量樣本，測(cè)序結(jié)果數(shù)據(jù)量與上樣起始量基本對(duì)應(yīng)?？傮w看來(lái)，單個(gè)樣本產(chǎn)量較均一，讀長(zhǎng)比較穩(wěn)定。

PART.2

僅CycloneSEQ測(cè)序基因組與參考基因組（完成基因組）比對(duì)

利用CycloneSEQ測(cè)序平臺(tái)細(xì)菌基因組解決方案對(duì)某細(xì)菌（命名為Bacteria1，下同）測(cè)序分析得到了組裝結(jié)果如表3、表4及圖4、圖5所示。

將Bacteria1菌株的CycloneSEQ測(cè)序組裝基因組與該菌株的參考基因組做比對(duì)：

表3 Bacteria1組裝策略和結(jié)果統(tǒng)計(jì)

表4 Bacteria1與參考基因組比對(duì)統(tǒng)計(jì)

圖4 Bacteria1與參考基因組比對(duì)情況

圖5 Bacteria1基因組注釋圖譜

PART.3

環(huán)狀質(zhì)粒的完整測(cè)序及組裝

Cyclone的長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序能夠?qū)⒕昊蚪M外其他DNA序列準(zhǔn)確并完整地測(cè)序。

表5 部分菌株質(zhì)粒信息

表6 Bacteria2菌株組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì)

圖6 bacteria2的基因組圖譜

測(cè)試結(jié)論

此次測(cè)試結(jié)果顯示，山東大學(xué)微生物改造技術(shù)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室能夠充分利用CycloneSEQ納米孔測(cè)序平臺(tái)的優(yōu)勢(shì)，完成細(xì)菌基因組組裝。

測(cè)評(píng)涉及產(chǎn)品信息